Účastníci konzorcia Genome 10K na výročnej konferencii, ktorá sa teraz koná v New Yorku, oznámili spustenie medzinárodného projektu „Genomy stavovcov“, ktorého úlohou je zhromaždiť genómy všetkých 66 tisíc druhov stavovcov žijúcich dnes na planéte. Gizmodo hovorí viac o cieľoch a zámeroch projektu.
V roku 2009 založili americkí biológovia David Haussler, Oliver Ryder a Stephen O'Brien projekt Genome 10K, ktorého cieľom bolo sekvenovať 10 000 genómov stavovcov. Na projekte sa pôvodne zúčastnilo 55 vedcov z veľkých zoologických záhrad, výskumných centier a múzeí. Spočiatku nebolo jasné, ako dlho bude trvať, kým sa zhromaždia genómy dostatočnej kvality. Ale so znížením nákladov a zjednodušením metód sekvenovania sa ukázalo, že projekt dokončí svoje úlohy za niekoľko rokov. Za posledné tri roky účastníci projektu porovnávali hlavné technológie pre sekvenovanie DNA a analýzu získaných výsledkov s cieľom zvoliť technológiu, ktorá vytvorí „platinové genómy“.
Včera členovia Genome 10K oznámili spustenie nového projektu Vertebrate Genome Project, ktorého cieľom je zhromaždiť mužské a ženské genómy 66 000 druhov stavovcov. Na projekte sa zúčastní 150 vedcov zastupujúcich 50 organizácií z 12 krajín. Podľa jedného zo zakladateľov projektu, Olivera Rydera, vďaka tomu budú biológovia schopní pochopiť dôvody vyhynutia druhov, vrátane toho, či v histórii druhu, „úzkych miest“, došlo k úzkemu príbuznému kríženiu, v dôsledku čoho sa znížila genetická diverzita druhu alebo došlo k delécii - mutáciám, ktoré môžu „vypnúť“. »Gény potrebné na prežitie organizmu.
Spolu s oznámením nového projektu vedci okamžite predstavili prvé výsledky svojej práce: genómy 15 druhov stavovcov, medzi ktoré patrí napríklad ohrozený papagáj sovy kakapo, endemický na Novom Zélande a austrálsky vtákopysk. Tieto a všetky ďalšie genómy, ktoré vedci plánujú zhromaždiť, budú zverejnené ako public domain v Noemovej archovej genomickej databáze.
Účastníci plánujú sekvenovať krátke úseky genómovej DNA a zbierať z nich stále dlhšie sekvencie až po celý chromozóm a potom ich „zlepiť“pomocou algoritmov špeciálne vyvinutých pre tento projekt.
Predtým vedci dokázali prečítať genóm človeka na vreckovom sekvenceri veľkosti smartfónu. Prístroj vytvoril rekord v najdlhšom čítaní molekuly DNA, dokázal sekvenovať sekvencie až do 882 tisíc párov báz.
Ekaterina Rusakova