Moderné vedy, využívajúce logiku ako nástroj poznania, často narážajú na teoretické rozpory alebo rozpory medzi dôsledkami teórie a verbalizovanými výsledkami skúseností, experimentu. Je to spôsobené logickými chybami v konštrukcii úsudkov, nedokonalosťou v súčasnosti existujúcich vedeckých metód alebo nedostatočnou presnosťou nástrojov používaných v pokusoch, ako aj neprimeranosťou akceptovanej idealizácie, tj nesprávnou axiomatizáciou teórií.
Prítomnosť paradoxu stimuluje nový výskum, hlbšie porozumenie teórie, jej „zjavné“postuláty a často vedie k jej úplnej revízii.
Paradoxy odhaľujú hlboké prúdy kognitívneho procesu. Vyhlasujúc o bezprostredných problémoch vo vede a zároveň ich rozhodujúco posunú vpred a presne tým, že prinášajú nové, ešte paradoxnejšie myšlienky.
Príkladmi paradoxov vo vede sú Russell's Paradox, Banach-Tarski's Paradox, Garai's Paradox, Smale's Paradox, Hausdorff's Paradox, EPR Paradox, Cosmological Paradoxes.
Paradoxy vo vede na jednej strane naznačujú krízu starých vedeckých poznatkov (ktorá vysvetľuje negatívny prístup mnohých vedcov k tomuto fenoménu), na druhej strane prispievajú k rozvoju nového, čo dokazuje ich užitočnosť a dokonca aj určitú nevyhnutnosť. Tu vidíte výber medzi mierom a rozvojom. Ak veda, ako by mala, uprednostňuje vývoj, potom by vedci mali brať paradoxy za samozrejmé a pokúsiť sa využiť vedomosti, ktoré poskytujú, napriek jej neznalosti a nesúladu so stanovenými pravidlami. Práve toto chápanie paradoxu sa v súčasnosti považuje za optimálne pre rozvoj vedy.