Genetická Analýza Vzoriek Tkanív Múmií Nájdených V Peru - Alternatívny Pohľad

Obsah:

Genetická Analýza Vzoriek Tkanív Múmií Nájdených V Peru - Alternatívny Pohľad
Genetická Analýza Vzoriek Tkanív Múmií Nájdených V Peru - Alternatívny Pohľad

Video: Genetická Analýza Vzoriek Tkanív Múmií Nájdených V Peru - Alternatívny Pohľad

Video: Genetická Analýza Vzoriek Tkanív Múmií Nájdených V Peru - Alternatívny Pohľad
Video: Genetická mutace BRCA1 VIDEO Ing. Lucie Mikuláškové 2024, Smieť
Anonim

Správa o výsledkoch genetickej analýzy vzoriek tkanív múmií nájdených v Peru. Táto správa bola pripravená v novembri 2018.

účinkujúci

Image
Image
  • Laboratóriá CEN4GEN (6756 - 75 Street NW Edmonton, AB Kanada T6E 6T9) - Príprava a sekvenovanie vzoriek.
  • ABRAXAS BIOSYSTÉMY SAPI DE CV (Mexiko) - analýza počítačových údajov.

Po predbežnej analýze kvality sa odobrali 3 vzorky zo 7 predložených vzoriek na ďalšiu analýzu.

Vzorky na analýzu

označenie pôvodné meno Podmienené meno obrázok
Starovekých-0002 Neck Bone Med Seating 00-12 Victoria 4 Victoria Obr. 3.117
Ancient-0003 1 Hand 001 Oddeľte ruku 3 prstami Obrázok 3.118
Starovekých-0004 Momia 5 - DNA Victoria Obr. 3.117

Pre tieto vzorky sa vykonali nasledujúce operácie:

Propagačné video:

  1. Extrakcia DNA.
  2. Kontrola kvality DNA.
  3. DNA množenie.
  4. Tvorba knižnice DNA.
  5. DNA sekvenovanie.
  6. Tvorba vyčistených sekvenovaných údajov.
  7. Kontrola kvality.
  8. Predbežná analýza prekrývaním DNA ukazuje na ľudský genóm.
  9. Analýza izolácie krátkej DNA je typická pre starú DNA.
  10. Prekrytie DNA Ancient0003 sa číta na existujúcich knižniciach ľudského genómu.
  11. Mitochondriálna analýza na detekciu variantov D-slučky a ďalších informačných miest na stanovenie mitochondriálnych haplotypov.
  12. Stanovenie pohlavia vzoriek.
  13. Identifikácia možných cudzích organizmov vo vzorkách.
  14. Analýza DNA databáz na identifikáciu podobností so známymi organizmami.
Obrázok 3.117. Extrakcia vzoriek z krku Victoria
Obrázok 3.117. Extrakcia vzoriek z krku Victoria

Obrázok 3.117. Extrakcia vzoriek z krku Victoria.

Aby sa identifikovali možné typy organizmov prítomných vo vzorkách Ancient0004 a Ancient0002 (Victoria), uskutočnil sa skicovanie DNA (Ondov et al., 2016), v ktorom sa porovnávali skupiny krátkych fragmentov, k-mers, s dostupnými databázami. Bol použitý softvér BBTools.

Testovali sa nasledujúce organizmy:

  1. Baktérie.
  2. Vírus.
  3. Plazmidy.
  4. Fágy.
  5. Huby.
  6. Plastidov.
  7. Rozsievky.
  8. Human.
  9. Bos Taurus.
  10. H penzbergensis.
  11. PhaseolusVulgaris.

  12. Mix2: Označte nasledujúce genómy:

    • Chloroplast Lotus japonicus, úplný genóm.
    • Canis lupus acquis cOR9S3P čuchový receptor rodiny 9 podrodiny S pseudogén (cOR9S3P) na chromozóme 25.
    • Mitochondrie Vigna radiata, kompletný genóm.
    • Millettia pinnata chloroplast, úplný genóm.
    • Curvibacter lanceolatus ATCC 14669 F624DRAFT_scaffold00015.15, celá genómová brokovnica.
    • Asinibacterium sp. OR53 skafold1, celá sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Kmeň Bacillus firmus LK28 32, sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Chloroplast Bupleurum falcatum, kompletný genóm.
    • Alicycliphilus sp. B1, celá genómová brokovnica.
    • Kmeň Bacillus litoralis C44 Scaffold1, sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Kmeň Chryseobacterium takakiae DSM 26898, celá genómová brokovnica.
    • Paenibacillus sp. FSL R5-0490.
    • Kmeň Bacillus halosaccharovorans DSM 25387 Scaffold3, sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Baktéria Rhodospirillales URHD0017, sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Kmeň Bacillus onubensis 10J4 10J4_trimmed_contig_26, úplná sekvencia brokovnice celého genómu.
    • Radyrhizobium sp. MOS004 mos004_12, celá genómová brokovnica.
    • Bacillus sp. UMB0899 ERR1203650.17957_1_62.8, celá broková sekvencia celého genómu.

  13. Stavovce: Štítok pre nasledujúce genómy:

    • Amblyraja-radiata_sAmbRad1_p1.fasta.
    • bStrHab1_v1.p_Kakapo.fasta.
    • bTaeGut1_v1.p_ZebraFinch.fasta.
    • GCA_000978405.1_CapAeg_1.0_genomic_CapraAegagrus.fna.
    • GCA_002863925.1_EquCab3.0_genomic_Horse.fna.
    • GCF_000002275.2_Ornithorhynchus_anatinus_5.0.1_genomic.fna.
    • GCF_000002285.3_CanFam3.1_genomic.fna.
    • Macaco_GCF_000772875.2_Mmul_8.0.1_genomic.fna.
    • rGopEvg1_p1_Gopherus_evgoodei_tortuga.fasta.
  14. Prvoky.
Obrázok 3.118. Obrázok a röntgenový snímok rúk s dvoma prstami
Obrázok 3.118. Obrázok a röntgenový snímok rúk s dvoma prstami

Obrázok 3.118. Obrázok a röntgenový snímok rúk s dvoma prstami.

Po všetkých filtroch bolo prijatých 27974521 čítaní pre Ancient0002 a 304785398 čítaní pre Ancient0004. To ukazuje, že 27% DNA zo vzorky Ancient0002 a 90% DNA zo vzorky Ancient0004 sa nedá identifikovať z vzoriek DNA analyzovaných organizmov z dostupných databáz.

Ďalšia fáza analýzy sa uskutočnila pomocou softvéru megahit v1.1.3 (Li et al., 2016). Bol získaný nasledujúci výsledok:

  • Ancient0002: 60852 kontigov, celkom 50459431 bp, min. 300 bp, maximum 24990 bp, priem. 829 bp, N50 868 bp, 884,385 (5,39%) zčítaných údajov.
  • Ancient0003: 54273 kontigov, celkom 52727201 bp, min. 300 bp, maximum 35094 bp, priemer 972 bp, N50 1200 bp, 20 247 568 (65,69%) zoskupených čítaní.

Výsledok analýzy je znázornený na obrázku.

Image
Image
Obrázok 3.116. Pomer klasifikovaných odpočtov pre 28073655 Ancient0002 čítaní (horný graf) a 25084962 Ancient0004 čítaní (spodný graf) v porovnaní s 34904805 DNA bázou predstavujúcou 1109518 taxonomických skupín
Obrázok 3.116. Pomer klasifikovaných odpočtov pre 28073655 Ancient0002 čítaní (horný graf) a 25084962 Ancient0004 čítaní (spodný graf) v porovnaní s 34904805 DNA bázou predstavujúcou 1109518 taxonomických skupín

Obrázok 3.116. Pomer klasifikovaných odpočtov pre 28073655 Ancient0002 čítaní (horný graf) a 25084962 Ancient0004 čítaní (spodný graf) v porovnaní s 34904805 DNA bázou predstavujúcou 1109518 taxonomických skupín.

záver

Ako výsledok analýzy sa ukázalo, že vzorky Ancient0002 a Ancient0004 (Victoria) nezodpovedajú ľudskému genómu, zatiaľ čo vzorka Ancient0003 dobre zodpovedá ľudskému.

Komentár Korotkov K. G

Všimnite si, že ruka s tromi prstami patrila veľkému stvoreniu, čo do veľkosti bola porovnateľná s Máriou, a získaný výsledok zodpovedá výsledku analýzy DNA DNA. Victoria je predstaviteľkou „malých stvorení“a výsledok ukazuje, že ich DNA nezodpovedá žiadnym moderným pozemským tvorom. Nemáme, samozrejme, údaje o starodávnych tvoroch, ktoré zmizli po milióny rokov.

odkazy

  • Corvelo, A., Clarke, WE, Robine, N., & Zody, MC (2018). taxMaps: komplexná a vysoko presná taxonomická klasifikácia krátkych údajov v primeranom čase. Genome Research, 28 (5), 751-758.
  • Gamba, C., Hanghøj, K., Gaunitz, C., Alfarhan, AH, Alquraishi, SA, Al-Rasheid, KAS, … Orlando, L. (2016). Porovnanie výkonnosti troch antických metód extrakcie DNA pre vysoko výkonné sekvenovanie. Molecular Ecology Resources, 16 (2), 459-469.
  • Huang, W., Li, L., Myers, JR, a Marth, GT (2012). UMENIE: simulátor na čítanie sekvencií novej generácie. Bioinformatics, 28 (4), 593-594.
  • Li, D., Luo, R., Liu, C.-M., Leung, C.-M., Ting, H.-F., Sadakane, K., … Lam, T.-W. (2016). MEGAHIT v1.0: Rýchly a škálovateľný metagenómový assembler poháňaný pokročilými metodikami a komunitnými postupmi. Methods, 102, 3-11.
  • Ondov, BD, Treangen, TJ, Melsted, P., Mallonee, AB, Bergman, NH, Koren, S. a Phillippy, AM (2016). Mash: rýchly odhad genómu a metagenómu pomocou MinHash. Genome Biology, 17 (1), 132.
  • Schubert, M., Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., … Orlando, L. (2014). Charakterizácia starodávnych a moderných genómov detekciou SNP a fylogenomickou a metagenomickou analýzou pomocou PALEOMIX. Nature Protocols, 9 (5), 1056-1082.
  • Weissensteiner, H., Forer, L., Fuchsberger, C., Schöpf, B., Kloss-Brandstätter, A., Specht, G., … Schönherr, S. (2016). mtDNA-Server: sekvenčná analýza dát ďalšej generácie ľudskej mitochondriálnej DNA v oblaku. Nucleic Acids Research, 44 (W1), W64-W69.
  • Zhang, J., Kobert, K., Flouri, T. a Stamatakis, A. (2014). PEAR: rýchla a presná zlučovacia reklama Illumina Paired-End. Bioinformatics, 30 (5), 614-620.

Materiály poskytnuté Konstantinom Georgievičom Korotkovom (doktor technických vied, profesor, Univerzita informačných technológií, mechaniky a optiky) a Dmitrijom Vladislavovičom Galetským (kandidát lekárskych vied, I. P. Pavlov 1. Štátna lekárska univerzita v Petrohrade)