Za prvú známu aplikáciu kryptografie sa v starovekom Egypte považuje použitie zvláštnych hieroglyfov asi pred 4 000 rokmi. Prvky kryptografie sa našli už v nápisoch Starého a Stredného kráľovstva, úplne kryptografické texty sú známe už od obdobia XVIII. Dynastie. Hieroglyfické písanie, odvodené z piktogramu, bolo plné ideogramov av dôsledku nedostatku vokalizácie bolo možné vytvárať fonogramy podľa princípu hádaniek.
Kryptografia Egypťanov sa nepoužila na to, aby sťažovala čítanie, ale pravdepodobnejšie s túžbou zákonníkov prekonať seba navzájom vo vtipoch a vynaliezavosti a tiež pomocou neobvyklých a záhadných upozorniť na svoje texty. Jedným z ilustratívnych príkladov sú texty oslávenia šľachtica Khnumhotepa II. (XIX. Storočia pred nl) nachádzajúce sa v dobre zachovanej hrobke č. BH 3 v oblasti Beni Hasan.
Starí Egypťania používali najmenej tri šifrovacie systémy.
V starovekých indických textoch sa medzi 64 umeniami pomenujú metódy zmeny textu, niektoré z nich možno pripísať kryptografickým. Autor tabliet s receptom na výrobu glazúry na hrnčiarstvo z Mezopotámie použil vzácne označenia, vynechal písmená a vymenil mená číslami, aby skryl to, čo bolo napísané. V budúcnosti existujú rôzne odkazy na použitie kryptografie, z ktorých väčšina sa týka použitia vo vojenských záležitostiach.
S príchodom fonetického písania bolo písanie okamžite zjednodušené. V starovekej semitskej abecede v II. Tisícročí pred Kristom bolo len asi 30 znakov. Označovali spoluhláskami, ako aj niektoré samohlásky a slabiky. Zjednodušenie písania prinieslo vývoj kryptografie a šifrovania.
Príklady použitia kryptografie nájdete v posvätných židovských knihách, vrátane knihy proroka Jeremiáša (6. storočia pred Kr.), Kde sa použila jednoduchá metóda šifrovania zvaná atbash. Namiesto prvého písmena abecedy napísali posledné, namiesto druhého - predposledné atď.
Jedným z najstarších známych kryptografických zariadení je skitala, známa tiež ako „šifra starej Sparty“. Skitala (alebo scitala z gréckeho σκυτάλη, wand) je zariadenie používané na vykonávanie permutačného šifrovania. Skitala pozostávala z valca a úzkeho pruhu pergamenu ovinutého okolo neho v špirále, na ktorej bola napísaná správa. Toto zariadenie bolo vyvinuté Sparťanmi a je známe, že sa používalo vo vojne Sparty proti Aténam na konci 5. storočia pred naším letopočtom. e.